Làng Lệ Mật vào cuối thời Lê đầu thời Nguyễn là một xã thuộc tổng Gia Thụy, huyện Gia Lâm, phủ Thuận An, trấn Kinh Bắc. Năm 1961, xã Việt Hưng cùng các xã, thị trấn trong huyện Gia Lâm được nhập về thành phố Hà Nội. Năm 2003, khi một phần huyện Gia Lâm được tách ra để thành lập quận Long Biên, xã Việt Hưng đổi thành phường Việt Hưng thuộc quận Long Biên. Lệ Mật là một làng cổ, xưa có tên là "Trù Mật", có lẽ vì kỵ húy chúa Trịnh Chù (Trịnh Cương (1686 - 1729) nên đổi thành tên như hiện nay.

Tương truyền, vào đời vua Lý Nhân Tông, có một công chúa cưng của vua thường bơi thuyền du ngoạn trên dòng Thiên Đức (sông Đuống ngày nay) và vào một hôm, công chúa bị đắm thuyền chết đuối không thấy xác. Vua trao giải cho ai tìm thấy nhưng không người nào tìm được. Có một chàng thanh niên họ Hoàng ở Lệ Mật đã chiến đấu dũng cảm với thủy quái và cuối cùng đưa được ngọc thể của công chúa lên bờ. Vua ban thưởng cho chàng rất nhiều gấm vóc, vàng bạc, nhưng chàng từ chối tất cả, chỉ xin vua cho đưa dân nghèo Lệ Mật và mấy làng quanh đó sang khai khẩn vùng đất phía Tây kinh thành Thăng Long làm trang trại. Sau khi được vua ưng thuận, dân chúng Lệ Mật đã cùng chàng vượt dòng sông Nhị Hà (sông Hồng) sang khai khẩn khu đất phía Tây thành Thăng Long. Vùng đất ấy dần trở nên trù phú, mở rộng thành 13 trại ấp mà sách sử gọi là khu "Thập Tam trại".

Sau khi khai lập được 13 trại, chàng trai họ Hoàng quay về củng cố làng cũ, rất trù phú, nên gọi làng là "Trù Mật". Sau khi chàng thanh niên mất, dân làng lập đình thờ chàng, suy tôn chàng là Thần hoàng. Theo gương chàng, dân chúng làng Lệ Mật ngoài việc nhà nông còn phát triển thêm nghề bắt rắn, nuôi rắn.

Hiện nay trong làng có hàng trăm hộ nuôi rắn, hàng chục nhà hàng đặc sản rắn và có nhiều hoạt động văn hóa nghệ thuật về rắn được tổ chức rầm rộ hàng năm. Lệ Mật được đánh giá là trung tâm giao dịch về rắn của toàn miền Bắc, đồng thời là làng rắn nổi tiếng ở Việt Nam và trên thế giới.

Làng Lệ Mật xưa có hai ngôi đình: đình Thượng (nay không còn), thờ Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm và đình Hạ thờ dũng sĩ họ Hoàng.